Биопсия печени, как правило, является безопасной процедурой при выполнении врачом-специалистом. Однако, как и любая медицинская процедура, она несет в себе небольшую степень присущих рисков. Пациенты могут испытывать боль в области ребер и правом плече после биопсии. Кровотечение является еще одним потенциальным осложнением, хотя оно считается низким риском. Нечасто существует риск инфекции. В очень редких случаях внутренний орган, такой как желчный пузырь, может быть случайно поврежден. Ультразвуковой контроль перед процедурой значительно минимизирует эти риски.
Если выполняется трансюгулярная биопсия, в месте введения катетера может образоваться гематома (скопление крови), что приводит к локализованной боли. Изредка эта специфическая процедура может повлиять на нервы, потенциально приводя к временным эффектам, таким как опущение века (птоз).