प्रक्रिया के लिए मरीजों को खाली पेट अस्पताल आना आवश्यक है। अन्य एंडोस्कोपिक तरीकों के विपरीत, ईआरसीपी के लिए आमतौर पर प्रक्रिया के बाद एक रात अस्पताल में रुकना पड़ता है जब तक कि मरीज सामान्य आहार फिर से शुरू न कर सके। मरीजों को अपने गैस्ट्रोएंटेरोलॉजिस्ट द्वारा दिए गए किसी भी विशिष्ट निर्देश का सख्ती से पालन करना चाहिए। चिकित्सक को सभी वर्तमान दवाओं और किसी भी ज्ञात एलर्जी के बारे में सूचित करना आवश्यक है। ईआरसीपी से पहले, संज्ञाहरण (एनेस्थीसिया) दिया जाता है। मुंह के माध्यम से एक एंडोस्कोप सावधानीपूर्वक डाला जाता है, इसे अन्नप्रणाली (एसोफैगस), पेट से होते हुए ग्रहणी (डुओडेनम) तक पहुंचाया जाता है। ग्रहणी से, पित्त और अग्नाशयी नलिकाओं (बाइल और पैंक्रियाटिक डक्ट्स) के सामान्य उद्घाटन बिंदु, पपीला (papilla) का पता लगाया जाता है। फिर इन नलिकाओं में एक कंट्रास्ट द्रव इंजेक्ट किया जाता है ताकि विस्तृत छवियां प्राप्त की जा सकें, जिससे सामान्य या असामान्य विशेषताओं का मूल्यांकन संभव हो सके। यदि चिकित्सीय हस्तक्षेप आवश्यक है, तो माइक्रो-उपकरणों को एंडोस्कोप के माध्यम से गुजारा जाता है ताकि पत्थर हटाने, संकुचन के फैलाव, स्टेंट लगाने, या संदिग्ध घावों के लिए ऊतक बायोप्सी जैसी प्रक्रियाएं की जा सकें। प्रक्रिया के नैदानिक और चिकित्सीय दोनों पहलुओं में आमतौर पर 30 से 60 मिनट लगते हैं।