L'objectif principal du traitement de la chondromalacie fémoro-patellaire est de réduire la pression exercée sur la rotule. En cas d'aggravation aiguë des symptômes, le repos, l'application de froid (15 minutes, 4-5 fois par jour pendant plusieurs jours) et l'utilisation d'une genouillère peuvent être recommandés. Des anti-inflammatoires non stéroïdiens (AINS) peuvent être prescrits pendant plusieurs semaines pour leurs effets analgésiques et anti-œdémateux.

Une partie cruciale du traitement implique le renforcement des muscles autour du genou par l'exercice pour améliorer la stabilité du genou. Il est essentiel que les muscles antérieurs, postérieurs, médiaux et latéraux de la cuisse possèdent une force et une flexibilité équilibrées pour assurer un alignement optimal de la rotule. Les sports à faible impact comme la natation et le vélo d'appartement sont adaptés pour renforcer les muscles sans surcharge excessive. De plus, des techniques de taping spéciales, comme le Kinesio tape, peuvent corriger le positionnement de la rotule, et des orthèses telles que des genouillères ou des semelles peuvent être utilisées.

Parmi les approches de médecine régénérative, les injections de PRP (Plasma Riche en Plaquettes) et de cellules souches peuvent soutenir le processus de réparation du tissu cartilagineux. Dans les situations où les méthodes de traitement conservatrices ne donnent pas de résultats satisfaisants, des options chirurgicales peuvent être envisagées. Ces options incluent des procédures telles que le relâchement de certains ligaments stabilisant la rotule, le débridement (rabotage) pour corriger les irrégularités de la surface du cartilage, ou la greffe de tissu cartilagineux.