Lors d'une biopsie par aspiration à l'aiguille fine de la thyroïde (BAAF), le patient n'est généralement pas endormi. La procédure est réalisée en anesthésiant localement la zone de la biopsie. Cela permet au patient de rester éveillé tout en minimisant la sensation de douleur. Cependant, pour des procédures plus invasives, telles que la biopsie ouverte de la thyroïde, une anesthésie générale peut être nécessaire.