La fente labio-palatine est observée chez environ 1 naissance sur 1000, tandis que la fente palatine isolée survient chez 1 naissance sur 2500. La fente labio-palatine est deux fois plus fréquente chez les enfants de sexe masculin, alors que la fente palatine isolée est deux fois plus répandue chez les enfants de sexe féminin. Cette différence de sexe s'explique par le fait que la fusion des processus mésodermiques à l'intérieur de la bouche pendant la période embryonnaire se produit environ une semaine plus tard chez les bébés filles ; l'échec de la fusion de ces processus entraîne la formation d'une fente palatine. D'un point de vue géographique et ethnique, la fente labio-palatine est plus souvent observée dans les populations d'Extrême-Orient, tandis qu'elle est plus rare chez les Afro-Américains. Aucune différence significative n'est observée entre les groupes ethniques pour la fente palatine isolée.