A fissura labiopalatina ocorre em aproximadamente 1 em cada 1000 nascimentos, enquanto a fissura palatina isolada ocorre em 1 em cada 2500 nascimentos. A fissura labiopalatina é duas vezes mais comum em crianças do sexo masculino, enquanto a fissura palatina isolada é duas vezes mais prevalente em crianças do sexo feminino. Essa diferença de gênero surge porque a fusão dos processos mesodérmicos dentro da boca durante o período embrionário ocorre aproximadamente uma semana mais tarde em bebês do sexo feminino; a falha na fusão desses processos leva à formação de uma fissura palatina. Geográfica e etnicamente, a fissura labiopalatina é observada com maior frequência em populações do Leste Asiático, enquanto é menos comum entre afro-americanos. Nenhuma diferença significativa é observada entre os grupos étnicos para a fissura palatina isolada.