Lippen-Kiefer-Gaumenspalten treten bei etwa 1 von 1000 Geburten auf, während isolierte Gaumenspalten bei 1 von 2500 Geburten beobachtet werden. Lippen-Kiefer-Gaumenspalten sind bei männlichen Kindern doppelt so häufig, wohingegen isolierte Gaumenspalten bei weiblichen Kindern doppelt so häufig vorkommen. Dieser Geschlechtsunterschied ist darauf zurückzuführen, dass die Fusion der mesodermalen Fortsätze im Mundraum während der Embryonalperiode bei Mädchen etwa eine Woche später erfolgt; das Ausbleiben der Fusion dieser Fortsätze führt zur Bildung einer Gaumenspalte. Geografisch und ethnisch betrachtet treten Lippen-Kiefer-Gaumenspalten häufiger in ostasiatischen Populationen auf, während sie bei Afroamerikanern seltener zu beobachten sind. Bei isolierten Gaumenspalten wird kein signifikanter Unterschied zwischen ethnischen Gruppen festgestellt.