L'embolie pulmonaire peut récidiver si les facteurs de risque sous-jacents ne sont pas éliminés et si le traitement n'est pas correctement suivi. Pour prévenir la formation d'un nouveau caillot, des médicaments anticoagulants sont généralement utilisés pendant au moins 6 mois. Une observance complète du traitement et des contrôles médicaux réguliers réduisent considérablement le risque de récidive de la maladie.