Le micropénis est une condition congénitale qui résulte généralement de diverses déficiences hormonales fœtales. Parmi ces déficiences, la plus courante est l'hypogonadisme hypogonadotrophique, caractérisé par une diminution des niveaux d'hormones masculines. Le micropénis peut également être associé à des syndromes génétiques ou se développer à la suite de conditions idiopathiques (de cause inconnue). D'autre part, la brièveté du pénis peut être liée à certaines conditions médicales et chirurgicales. Ces conditions peuvent être observées chez les patients ayant subi une prostatectomie radicale pour un cancer de la prostate, les individus atteints de la maladie de La Peyronie et ceux présentant des anomalies congénitales.