Le Botox, possédant la propriété d'inhiber les contractions musculaires, peut être utilisé dans le traitement de l'achalasie. Cependant, l'effet de l'injection de Botox étant de courte durée, il ne constitue pas une solution durable et nécessite des répétitions fréquentes. Ces répétitions peuvent entraîner le développement de tissu fibreux dans la partie inférieure de l'œsophage. C'est pourquoi ce n'est pas une méthode privilégiée.