Botoks, kas kasılmalarını engelleyici özelliği sayesinde akalazya tedavisinde kullanılabilir. Ancak botoks enjeksiyonunun etkisi kısa süreli olduğundan kalıcı bir çözüm sunmaz ve sürekli tekrarlanması gerekir. Bu tekrarlayan uygulamalar, yemek borusunun alt kısmında fibrotik doku oluşumuna yol açabilir. Bu yüzden, botoks tedavisi akalazyada öncelikli tercih edilen bir yöntem değildir.