L'IRM n'est pas pratiquée sur les patients qui refusent d'entrer dans l'appareil en raison d'une claustrophobie sévère. Pour les patients atteints d'insuffisance rénale dont les taux d'urée et de créatinine sanguins dépassent un certain seuil, une évaluation préalable par un médecin est obligatoire avant la procédure. Les règles générales de sécurité de l'IRM s'appliquent également aux procédures d'IRM cardiaque. L'examen n'est pas recommandé si le patient a une prothèse métallique, un stimulateur cardiaque ou tout implant électronique incompatible avec l'IRM dans son corps. Si des stimulateurs cardiaques ou des valves métalliques sont présents, ils doivent être compatibles avec l'IRM. Avant la procédure, il est impératif de demander au patient s'il a une prothèse métallique, un stimulateur cardiaque, une valve métallique ou tout autre implant métallique dans son corps ; tous les objets métalliques tels que les piercings doivent être retirés.