Le traitement de l'anémie pernicieuse implique diverses méthodes visant à augmenter l'absorption de la vitamine B12. Ces méthodes comprennent, parfois, l'utilisation d'antibiotiques pour équilibrer la flore intestinale, des injections intramusculaires pour corriger la carence en B12, et des suppléments oraux de B12. Dans les cas légers, des sprays nasaux ou des compléments alimentaires peuvent être préférés, tandis que dans les cas graves, un apport en B12 peut être administré par injections intraveineuses (par voie veineuse) ou intramusculaires (par la fesse).

De plus, si des problèmes cardiovasculaires, neurologiques ou gastro-entérologiques sous-jacents sont présents, un plan de traitement combiné abordant ces conditions peut être mis en œuvre. Pendant toute la durée du traitement, les réserves de B12 du patient sont régulièrement surveillées, et des modifications du mode de vie et des habitudes alimentaires peuvent être recommandées. Il est également bénéfique d'ajouter à l'alimentation des aliments riches en B12 tels que le poisson, les œufs, le lait, le fromage, les viandes blanches et rouges.