En el tratamiento del seno pilonidal, la intervención quirúrgica es el método más efectivo y frecuentemente preferido. Las opciones de tratamiento no quirúrgico incluyen el drenaje del quiste, la aplicación de fenol, la terapia con láser y el uso de antibióticos para el control de la infección. Estos métodos alternativos generalmente pueden considerarse para casos no aptos para cirugía o en etapas tempranas; sin embargo, sus tasas de recurrencia pueden ser más altas en comparación con la cirugía. Aplicaciones de apoyo como compresas calientes pueden aliviar temporalmente el malestar en el área, pero no proporcionan una cura definitiva. El objetivo principal de la intervención quirúrgica es la extirpación completa del tracto del seno pilonidal y la colocación de la incisión quirúrgica lo más alejada posible del surco interglúteo para influir positivamente en la cicatrización. Antes de la cirugía, es de vital importancia controlar una infección existente con tratamiento antibiótico.