Las pruebas de cribado prenatal se consideran generalmente seguras tanto para la madre como para el bebé y pueden realizarse en todas las personas gestantes que opten por ellas. Sin embargo, los procedimientos de diagnóstico prenatal invasivos, que implican la introducción de una aguja en el entorno intrauterino estéril, conllevan un pequeño riesgo de aborto espontáneo. Para la amniocentesis y la biopsia de vellosidades coriónicas (BVC), este riesgo es de aproximadamente 1 de cada 200 a 1 de cada 400. Para la toma de muestras de sangre del cordón umbilical (cordocentesis), el riesgo es de alrededor de 2 de cada 100.