Die Nachsorgeprotokolle nach einer Stammzelltherapie variieren je nach Art des durchgeführten Verfahrens und der behandelten Erkrankung. Insbesondere bei Stammzellapplikationen, die einen chirurgischen Eingriff erfordern, kann eine objektive Nachsorge mittels radiologischer Bildgebungsmethoden wie der Magnetresonanztomographie (MRT) durchgeführt werden. Veränderungen im Schmerzniveau des Patienten und dessen funktioneller Status sollten regelmäßig als wichtige Indikatoren für das Ansprechen auf die Behandlung bewertet werden. Der Nachsorgeprozess wird vom Arzt individuell auf den Zustand des Patienten und die verabreichte Behandlung abgestimmt.