Die Sicherheit der Prolotherapie hängt maßgeblich von der Erfahrung und Ausbildung des durchführenden Arztes ab. Wenn sie von Ärzten mit ausreichendem Wissen und praktischer Erfahrung durchgeführt wird, ist die Prolotherapie im Allgemeinen eine sichere Methode. Dennoch bestehen, wie bei jedem Verfahren, das die Injektion einer Substanz in ein Gelenk beinhaltet, potenzielle Risiken. Diese möglichen Nebenwirkungen können umfassen: Schmerzen und Steifheit an der Injektionsstelle, Blutungen, Blutergüsse und Schwellungen, Infektionen, allergische Reaktionen.