Proloterapi uygulamasının güvenliği büyük ölçüde uygulayan hekimin deneyimine ve eğitimine bağlıdır. Yeterli bilgi birikimine ve pratiğe sahip doktorlar tarafından gerçekleştirildiğinde proloterapi genel olarak güvenli bir yöntemdir. Bununla birlikte, eklem içine madde enjeksiyonu içeren her prosedürde olduğu gibi, potansiyel riskler mevcuttur. Bu olası yan etkiler şunları kapsayabilir: Enjeksiyon bölgesinde ağrı ve sertlik, kanama, morarma ve şişme, enfeksiyon, alerjik reaksiyonlar.