Die Behandlung der mikroskopischen Kolitis ist im Allgemeinen weniger komplex als die anderer Kolitisformen. Sie zeigt oft eine spontane Rückbildung. Nur ein kleiner Teil der Patienten benötigt eine langfristige therapeutische Intervention. Die Therapie umfasst typischerweise diätetische Anpassungen und Medikamente zur Linderung der Symptome, insbesondere von Durchfall.