O manejo da colite microscópica é geralmente menos complexo em comparação com outras formas de colite. Frequentemente, apresenta resolução espontânea. Apenas um pequeno subconjunto de pacientes requer intervenção terapêutica de longo prazo. O tratamento tipicamente envolve modificações dietéticas e medicamentos destinados ao alívio dos sintomas, particularmente a diarreia.