Endoskopi, hem teşhis hem de tedavi amacıyla kullanılır. İncelenecek organa bağlı olarak, endoskopik işlemi yapacak doktor ve bölüm farklılık gösterebilir. Ancak üst gastrointestinal sistem (yemek borusu, mide, oniki parmak bağırsağı) endoskopisi için Gastroenteroloji ve genel cerrahi uzmanlarına başvurmak gerekir. Deneyimli bir doktor tarafından gerçekleştirilen endoskopi, olası komplikasyon riskini azaltır.