Endoskopie kann sowohl diagnostisch als auch therapeutisch eingesetzt werden. Abhängig vom zu untersuchenden Organ können sich der behandelnde Arzt und die Abteilung unterscheiden. Für eine Oberendoskopie, also eine Endoskopie von Speiseröhre, Magen und Duodenum, ist jedoch die Kontaktierung eines Gastroenterologen oder Allgemeinchirurgen notwendig. Die ausreichende Erfahrung des endoskopisch tätigen Arztes trägt zur Vermeidung möglicher Komplikationen bei.