Endometriozis (çikolata kisti) tedavi edilebilir bir hastalıktır. Tedavi yaklaşımları hastanın semptomlarına ve gelecekteki üreme arzusuna göre kişiselleştirilir.

Başlıca ağrı şikayeti olan kadınlarda öncelikli olarak medikal tedavi uygulanır. Çocuk sahibi olmak isteyen ve yardımcı üreme tekniklerinden (aşılama, tüp bebek) fayda görmemiş ilerlemiş vakalarda cerrahi tedavi düşünülebilir. Gebe kalmakta zorluk çeken hastalar için başlangıçta yardımcı üreme teknikleri (örneğin aşılama ve tüp bebek) önerilir. Bu yöntemlerle gebelik elde edilemediği takdirde, cerrahi müdahale ile hastalığın temizlenmesi yoluna gidilebilir.

Cerrahi tedavi, laparoskopik yöntemlerle çikolata kistlerinin çıkarılmasını, yapışıklıkların açılmasını, tüplerin anatomik yapısının düzeltilmesini veya şiddetli ağrıya neden olan derin infiltratif endometriozis nodüllerinin çıkarılmasını içerebilir.

Özellikle 40 yaş üzerindeki kadınlarda çikolata kistleri, yumurtalık kanseri riski nedeniyle daha dikkatli takip edilmelidir. Ultrasonografi veya MR görüntülemede şüpheli bulgular saptandığında, ilgili yumurtalık ve fallop tüpünün alınması gerekebilir.