PFAPA sendromunun bilinen kalıcı bir tedavisi bulunmamaktadır. Tedavi genellikle semptomları hafifletmeye ve atakları kontrol altına almaya yöneliktir. Özellikle yüksek ateş ataklarında ateş düşürücü ilaçlar kullanılır. Atakların sıklığını ve şiddetini azaltmak amacıyla kortizon (tek doz) ve kolşisin gibi ilaçlar da fayda sağlayabilmektedir. Ayrıca, bademciklerin alınması (tonsillektomi) PFAPA sendromu için etkili bir cerrahi tedavi seçeneği olarak kabul edilmektedir.