Bronkoskopi ve Endobronşiyal Ultrasonografi (EBUS) prosedürleri genellikle güvenlidir ve ciddi komplikasyon riski düşüktür. İşlem sonrası bazı yaygın ve beklenen yan etkiler görülebilir. Bunlar arasında geçici boğaz ağrısı, ses kısıklığı ve bazen ateş düşürücülerle kontrol altına alınabilen hafif ateş yer alır. İşlem sırasında veya hemen sonrasında en sık karşılaşılan sorun, işlemin kendisine veya altta yatan bir duruma bağlı olabilen burun veya solunum yollarında küçük kanamalardır. Daha nadir görülen komplikasyonlar, genellikle anestezi veya sedasyonla ilişkili olup, lokal anesteziklere karşı alerjik reaksiyonlar, solunum baskılanması, oksijen satürasyonunda düşüş, bronkospazm, epileptik nöbetler veya kalp ritim düzensizliklerini içerebilir. Bu potansiyel komplikasyonlar genellikle işlem sonrası ilk birkaç saat içinde ortaya çıkar. Bu nedenle, hastanın genel durumunun, solunum fonksiyonlarının ve kalp parametrelerinin iyileşme odasında yakından izlenmesi çok önemlidir. Anestezi veya sedasyon uygulanan hastaların, bu ilaçların etkileri tamamen geçene kadar daha uzun süre gözlem altında tutulması, tam iyileşmeleri ve güvenlikleri açısından gereklidir.