Akut miyeloid lösemi (AML) hastalığında FLT3, sonradan kazanılan genetik bir mutasyondur ve hastalığın oluşumunda da rol oynar. Hastalık kontrol altına alınamazsa, bu mutasyon daha sonra da gelişebilir. AML'de FLT3 pozitifliğinin iki önemli anlamı vardır:

Birincisi, AML'de FLT3 bulunması hastayı yüksek risk grubuna sokar ve kök hücre nakli gerektirebilir.

İkincisi, FLT3 mutasyonunu hedef alan akıllı ilaçlar mevcuttur. Bu ilaçlar, hem ilk basamak tedavide hem de takip eden pekiştirme tedavilerinde, standart kemoterapiye ek olarak kullanılır.