Akciğer embolisi tedavisi en az 6 ay sürer. Tedavinin bir kısmı, hastalığın şiddetine bağlı olarak hastanede geçirilebilir. Protein C eksikliği, Faktör V Leiden mutasyonu, antitrombin III eksikliği gibi genetik yatkınlık durumlarında hasta ömür boyu kan sulandırıcı ilaç kullanmak zorunda kalabilir.