Akciğer embolisinin nedenleri karmaşık olup çeşitli faktörlerin bir araya gelmesiyle ortaya çıkabilir. Damar iç yüzeyindeki hasar (endotel hasarı), kan akışının yavaşlaması (staz) ve kanın pıhtılaşma eğiliminin artması (hiperkoagülabilite) ana etiyolojik faktörlerdir. Kalp ve damar hastalıkları, pıhtı oluşumu riskini önemli ölçüde artırabilir. Özellikle uzun süre ayakta kalmayı gerektiren mesleklerde görülen varisler, bacaklarda kan akışını bozarak pıhtı riskini yükseltir. Bazı ilaçlar, örneğin hormonal doğum kontrol yöntemleri, kanın pıhtılaşma potansiyelini artırabilir. Uzun süreli hareketsizlik; yatağa bağımlı hastalarda veya 4 saati aşan uzun yolculuklarda olduğu gibi, derin ven trombozu (DVT) ve dolayısıyla pulmoner emboli riskini artırır. Cerrahi operasyonlar, özellikle karın veya bacak bölgelerini içerenler ve genel anestezi altında uzun süren ameliyatlar sonrası dönemde emboli riskini yükseltir. Liposuction gibi estetik cerrahi prosedürler sonrasında yağ embolileri oluşabilir. Derin su dalgıçlarında hızlı yüzeye çıkışlar, dekompresyon hastalığına bağlı olarak yağ veya hava embolilerine yol açabilir. Kanser hastalarında, özellikle akciğer kanserinde ve kemoterapi tedavisi görenlerde, kanın pıhtılaşma eğilimi artar ve bu durum akciğer embolisi riskini yükseltir. Protein C eksikliği, Faktör V Leiden mutasyonu, Antitrombin III eksikliği gibi genetik yatkınlıklar, bireyin yaşına bakılmaksızın pıhtılaşma riskini artırarak akciğer embolisine zemin hazırlayabilir. Sigara kullanımı ve obezite de pulmoner emboli için önemli risk faktörleridir.