Çikolata kisti olarak da bilinen endometriozisin kesin nedeni henüz tam olarak anlaşılamamıştır. En yaygın kabul gören teori, birincil neden olarak retrograd menstrüasyonu (geri akımlı adet kanaması) öne sürmektedir. Adet döneminde, rahim içinden atılması gereken endometrium dokusunun bir kısmı, fallop tüpleri aracılığıyla pelvik boşluğa ve diğer bölgelere geriye doğru akar. Endometriozis, yerinden çıkan bu dokuların rahim dışında implante olması ve büyümesiyle ortaya çıkar.

Bu patolojik büyüme, adet döneminde şiddetli alt karın ağrısı gibi semptomlarla kendini gösterebilir ve sıklıkla aşırı vajinal kanama eşlik eder.

Endometriozisin gelişimine katkıda bulunduğu düşünülen çeşitli faktörler şunlardır:
* Retrograd menstrüasyon
* Genetik yatkınlık
* Bağışıklık sistemi disfonksiyonu
* Östrojen hormonu dengesizlikleri
* Sezaryen veya histerektomi gibi cerrahi müdahaleler.