Endoskopi, hem teşhis hem de tedavi amacıyla kullanılan çok yönlü bir yöntemdir. Yapılacak endoskopik işlemin türü ve incelenecek organa göre başvurulması gereken uzmanlık alanı ve doktor değişmektedir. Özellikle yemek borusu, mide ve onikiparmak bağırsağını kapsayan üst sindirim sistemi endoskopisi için Gastroenteroloji veya Genel Cerrahi uzmanlarına başvurulması gerekmektedir. İşlemi gerçekleştirecek doktorun yeterli deneyime sahip olması, olası komplikasyon risklerini en aza indirmek açısından büyük önem taşımaktadır.