Kawasaki hastalığının kesin nedeni henüz tam olarak anlaşılamamıştır. Hastalığın enfeksiyonlar tarafından tetiklendiği düşünülmekle birlikte, hastalığa karşı doğrudan bir korunma yöntemi bulunmamaktadır. Bununla birlikte, çocukların genel sağlığını korumak ve enfeksiyonlara karşı direncini artırmak amacıyla bazı genel önlemler büyük önem taşımaktadır. Bu önlemler arasında düzenli hijyen uygulamaları, güçlü bir bağışıklık sistemini destekleyici yaşam tarzı, periyodik çocuk sağlığı izlemleri ve çocukluk çağı aşılarının eksiksiz yapılması yer almaktadır.