Mikropenis, doğuştan gelen bir durum olup genellikle çeşitli fetal hormonal eksikliklere bağlı olarak ortaya çıkar. Bu eksiklikler arasında en yaygın olanı, erkeklik hormon seviyelerinde düşüşle karakterize olan hipogonadotropik hipogonadizmdir. Mikropenis aynı zamanda genetik sendromlarla ilişkili olabilir veya nedeni bilinmeyen (idyopatik) durumlar sonucunda da gelişebilir. Öte yandan, penis kısalığı belirli tıbbi ve cerrahi durumlarla ilişkili olabilir. Bu durumlar arasında prostat kanseri nedeniyle radikal prostatektomi geçiren hastalar, Peyronie hastalığı olan bireyler ve doğumsal anomalileri bulunan kişilerde görülebilir.