Mikropenis ist eine angeborene Erkrankung, die typischerweise auf verschiedene fötale Hormondefizite zurückzuführen ist. Unter diesen Defiziten ist der hypogonadotrope Hypogonadismus am häufigsten, der durch einen Abfall der männlichen Hormonspiegel gekennzeichnet ist. Mikropenis kann auch mit genetischen Syndromen assoziiert sein oder infolge idiopathischer (unbekannter Ursache) Zustände entstehen. Andererseits kann eine Peniskürze mit bestimmten medizinischen und chirurgischen Erkrankungen zusammenhängen. Diese Bedingungen können bei Patienten beobachtet werden, die sich einer radikalen Prostatektomie wegen Prostatakrebs unterzogen haben, bei Personen mit Peyronie-Krankheit und bei solchen mit angeborenen Anomalien.