Pernisiyöz anemi, bağırsaklarda B12 vitamininin emiliminin bozulmasıyla karakterize edilen ve bir eksikliğe yol açan bir durumdur. Bu durum, B12 emilimi için kritik öneme sahip bir protein olan intrensek faktör eksikliğinden kaynaklanır. Katkıda bulunan faktörler arasında ameliyat sonrası uygulanan bazı ilaçlar, kofaktör eksiklikleri veya belirli beslenme yetersizlikleri bulunabilir. Ayrıca, çeşitli enflamatuar durumlar da hastalığın başlangıcını hızlandırabilir.