Otoimmün hastalıklar, bağışıklık sisteminin kendi sağlıklı hücreleri ile yabancı istilacılar arasındaki ayrımı yapamaması sonucu vücudun kendi doku ve organlarına saldırmasıyla ortaya çıkan durumlardır. Normalde bağışıklık sistemi, vücuda zarar verebilecek virüsler, bakteriler veya mantarlar gibi patojenleri tanıyıp onlara karşı etki gösterir. Vücuttaki her hücre zarı, bağışıklık sisteminin 'kendine ait' olarak tanımasını sağlayan belirli moleküller taşır. Ancak otoimmün hastalıklarda, bağışıklık sistemi sağlıklı hücreleri, dokuları ve organları yabancı veya zararlı olarak algılayarak onlara karşı bir saldırı başlatır.