Mikroskobik kolitin yönetimi, diğer kolit türlerine kıyasla genellikle daha az karmaşıktır. Sıkça kendiliğinden düzelme gösterir. Hastaların yalnızca küçük bir kısmı uzun süreli tedavi edici müdahale gerektirir. Tedavi genellikle diyet değişikliklerini ve özellikle ishale yönelik semptom giderici ilaçları içerir.