माइक्रोस्कोपिक कोलाइटिस का प्रबंधन आमतौर पर कोलाइटिस के अन्य रूपों की तुलना में कम जटिल होता है। यह अक्सर स्वतः ही ठीक हो जाता है। केवल मरीजों के एक छोटे से समूह को दीर्घकालिक चिकित्सीय हस्तक्षेप की आवश्यकता होती है। उपचार में आमतौर पर आहार संबंधी संशोधन और विशेष रूप से दस्त जैसे लक्षणों से राहत के उद्देश्य से दवाएं शामिल होती हैं।