Cross-linking işlemi, öncesinde ve işlem boyunca düzenli aralıklarla uygulanan anestetik göz damlaları sayesinde genellikle oldukça konforlu bir deneyim sunar ve hastalar tarafından rahatlıkla tolere edilir. Ancak, işlem sonrası epitel iyileşmesi tamamlanana kadar hastalarda yanma, batma, sulanma ve ağrı gibi şikayetler gözlenebilmektedir.