Kardiyak MR'ın bilinen ciddi bir yan etkisi bulunmamaktadır. Ancak, işlemde kullanılan kontrast maddeye karşı alerjik reaksiyonlar ve önceden mevcut böbrek yetmezliği olan hastalarda, gerekli önlemler alınmadığında böbrek fonksiyonlarında geçici bozulma riski mevcuttur. Bu durumlar dışında, genellikle güvenli bir prosedürdür.