Endoskopi, cerrahi müdahalelere kıyasla genellikle güvenli bir prosedür olarak kabul edilir. Ancak, tüm tıbbi prosedürlerde olduğu gibi, düşük derecede de olsa riskler taşımaktadır.

Nadir olmakla birlikte potansiyel riskler şunlardır:
* Kanama: Bu durum, teşhis, tedavi veya biyopsi işlemleri sırasında meydana gelebilir.
* Enfeksiyon: Çoğu endoskopik muayene ve biyopsi için enfeksiyon riski düşüktür. Ancak, endoskopinin bir parçası olarak ek prosedürler yapılırsa risk artabilir. Çoğu enfeksiyon küçüktür ve antibiyotiklerle tedavi edilebilir. Enfeksiyon riskiniz yüksekse koruyucu antibiyotikler uygulanabilir.
* Perforasyon: Nadir durumlarda, yemek borusunda veya üst gastrointestinal sistemin başka bir bölümünde yırtık veya perforasyon meydana gelebilir ve bu durum organ hasarına yol açabilir.
* Sedasyon Reaksiyonu: İşlem sırasında hasta konforunu sağlamak için, üst endoskopi öncesinde sedasyon uygulanır. Son derece nadir olmakla birlikte, sedatif ajanlara karşı olumsuz reaksiyonlar mümkündür.

Hastalar, endoskopiden sonra aşağıdaki belirtilerden herhangi birini yaşarlarsa derhal tıbbi yardım almalıdır:
* Göğüs ağrısı
* Ateş
* Endoskopi bölgesinde sürekli ağrı
* Nefes darlığı
* Yutma zorluğu
* Şiddetli ve inatçı karın ağrısı
* Kusma