एंडोस्कोपी को आमतौर पर एक सुरक्षित प्रक्रिया माना जाता है, खासकर सर्जिकल हस्तक्षेपों की तुलना में। हालांकि, सभी चिकित्सा प्रक्रियाओं की तरह, इसमें भी थोड़ा जोखिम होता है।

संभावित जोखिम, हालांकि दुर्लभ, में शामिल हैं:
* रक्तस्राव: यह नैदानिक, चिकित्सीय या बायोप्सी प्रक्रियाओं के दौरान हो सकता है।
* संक्रमण: अधिकांश एंडोस्कोपिक परीक्षाओं और बायोप्सी के लिए संक्रमण का जोखिम कम होता है। हालांकि, यदि एंडोस्कोपी के हिस्से के रूप में अतिरिक्त प्रक्रियाएं की जाती हैं तो यह बढ़ सकता है। अधिकांश संक्रमण मामूली होते हैं और एंटीबायोटिक दवाओं से इलाज किया जा सकता है। यदि आपको संक्रमण का अधिक जोखिम है तो प्रोफिलैक्टिक एंटीबायोटिक दवाएं दी जा सकती हैं।
* छेदना (Perforation): दुर्लभ मामलों में, अन्नप्रणाली या ऊपरी जठरांत्र संबंधी मार्ग के किसी अन्य हिस्से में आंसू या छेद हो सकता है, जिससे संभावित अंग क्षति हो सकती है।
* सेडेशन प्रतिक्रिया: प्रक्रिया के दौरान रोगी के आराम को सुनिश्चित करने के लिए, ऊपरी एंडोस्कोपी से पहले आमतौर पर सेडेशन दी जाती है। हालांकि यह अत्यंत दुर्लभ है, सेडेटिव एजेंटों के लिए प्रतिकूल प्रतिक्रियाएं संभव हैं।

यदि किसी एंडोस्कोपी के बाद निम्नलिखित में से कोई भी लक्षण अनुभव होते हैं तो रोगियों को तत्काल चिकित्सा सहायता लेनी चाहिए:
* सीने में दर्द
* बुखार
* एंडोस्कोपी स्थल पर लगातार दर्द
* सांस लेने में दिक्कत
* निगलने में कठिनाई
* पेट में गंभीर और लगातार दर्द
* उल्टी