Manyetik Rezonans (MR), en etkili ve radyasyon içermemesi nedeniyle en güvenli görüntüleme yöntemlerinden biridir. Çocuklarda MR çekilmesi için tıbbi açıdan herhangi bir engel bulunmamaktadır. Ancak, MR çekimlerinin diğer görüntüleme yöntemlerine göre daha uzun sürmesi nedeniyle çocuklarda uygulama zorlukları yaşanabilmektedir. Çekim süresince hastanın tamamen hareketsiz kalması gerektiğinden, çocukların bu süreyi hareketsiz geçirmesi genellikle zordur. Net ve kaliteli görüntüler elde edebilmek için çocukların hareketsizliğini sağlamak amacıyla sedasyon (sakinleştirici) veya genel anestezi uygulanması gerekebilir. Anestezi altında yapılan MR çekimleri görüntü kalitesi açısından olumlu sonuçlar verse de, bu tür uygulamalar için anestezi ekibinin hazır bulunması ve MR odasının gerekli anestezi cihaz ve ekipmanlarına uygun hale getirilmesi önemlidir. Potansiyel komplikasyonlara karşı, anestezi gerektiren MR çekimlerinin tam donanımlı ve deneyimli hastanelerde yapılması daha güvenlidir.