Kolonoskopi, çeşitli sindirim sistemi rahatsızlıklarının teşhisi, kolorektal kanser taraması ve polip takibi amacıyla yapılan önemli bir endoskopik işlemdir. Başlıca uygulama nedenleri şunlardır:

* Teşhis Amaçlı: Aşağıdaki belirti veya durumların nedenini araştırmak ve teşhis etmek amacıyla kolonoskopi uygulanır:
* Geçmeyen karın ağrısı
* Rektal kanama
* Kronik kabızlık
* Açıklanamayan anemi (kansızlık) veya demir eksikliği
* Kronik ishal
* Kanser şüphesi
* Nedeni açıklanamayan kilo kaybı

* Kolorektal Kanser Taraması: Belirgin bir şikayet olmasa dahi, kolon ve rektum kanserinin erken teşhisi için kolonoskopi önemli bir tarama yöntemidir. Genellikle 50 yaş ve üzeri bireyler için her 5 yılda bir önerilir. Ailede kolorektal kanser öyküsü bulunan kişilerde ise tarama sıklığı ve başlama yaşı farklılık gösterebilir.

* Polip Takibi ve Çıkarılması: Daha önce bağırsak polipleri tespit edilmiş kişilerde, belirli aralıklarla kolonoskopi ile takip gereklidir. Poliplerin erken dönemde teşhis edilip kolonoskopi sırasında çıkarılması, kolorektal kanser gelişimini önlemede kritik bir rol oynar.