Koklear implant cerrahisi, uzman cerrahlar tarafından tam donanımlı sağlık kuruluşlarında gerçekleştirildiğinde genellikle güvenli ve iyi tolere edilen bir prosedürdür. Bununla birlikte, her cerrahi müdahalede olduğu gibi, nadiren bazı riskler ortaya çıkabilir. Bu potansiyel riskler genellikle hafiftir ve şunları içerebilir: kanama, şişlik, implant bölgesinde enfeksiyon, kulak çınlaması (tinnitus), kulak çevresinde uyuşma, baş dönmesi, tat değişikliği ve ağız kuruluğu. Uzman olmayan kişilerce veya uygun olmayan koşullarda yapıldığında ise fasiyal sinir yaralanması, beyin omurilik sıvısı sızıntısı ve menenjit gibi daha ciddi komplikasyonlar riski artar. Ayrıca, hastanın genel sağlık durumu ve tıbbi geçmişine bağlı olarak ek riskler de söz konusu olabilir.