Klinefelter sendromu genellikle gebelik sırasında amniyosentez veya koryon villus örneklemesi (CVS) gibi prenatal tanı testlerinde beklenmedik bir bulgu olarak ya da erişkinlik döneminde erkek infertilitesinin araştırılması sırasında teşhis edilmektedir. Sendromun belirgin semptomlar göstermemesi veya hafif seyretmesi nedeniyle, birçok bireyin yaşamı boyunca tanı almadığı düşünülmektedir. Klinefelter sendromunun kendisi ölümcül bir durum olmamakla birlikte, eşlik edebilen bazı sağlık sorunları (örneğin kardiyovasküler hastalıklar veya diyabet) nedeniyle yaşam süresinde ortalama 2 ila 5 yıllık bir azalma görülebilmektedir.