Точная причина болезни Кавасаки еще не полностью выяснена. Хотя считается, что инфекции могут провоцировать это заболевание, прямого метода специфической профилактики болезни Кавасаки не существует. Тем не менее, некоторые общие меры имеют большое значение для защиты общего здоровья детей и повышения их сопротивляемости инфекциям. Эти меры включают регулярное соблюдение гигиены, образ жизни, поддерживающий крепкую иммунную систему, периодические медицинские осмотры детей и полную вакцинацию в соответствии с графиком детских прививок.