Kapsül endoskopi, başlıca yeri tespit edilemeyen gastrointestinal kanamaların nedenini araştırmak ve Crohn hastalığı gibi ince bağırsakları etkileyen iltihabi hastalıkları teşhis etmek amacıyla kullanılır. Bunun yanı sıra, açıklanamayan demir eksikliği anemisi, kronik ishal, karın ağrısı ve kilo kaybı gibi semptomlarla seyreden durumların incelenmesinde ve ince bağırsaklardaki polip veya tümörlerin tanısında da etkili bir yöntemdir.