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Die Kapselendoskopie wird hauptsächlich eingesetzt, um die Ursache von gastrointestinalen Blutungen unklarer Herkunft zu untersuchen und entzündliche Darmerkrankungen des Dünndarms, wie Morbus Crohn, zu diagnostizieren. Darüber hinaus ist sie eine effektive Methode zur Abklärung von Zuständen, die mit Symptomen wie unerklärlicher Eisenmangelanämie, chronischem Durchfall, Bauchschmerzen und Gewichtsverlust einhergehen, sowie zur Diagnose von Polypen oder Tumoren im Dünndarm.