Kapsül endoskopi işlemi için hasta, işlem günü sabahı aç karnına kliniğimize gelmelidir. Bir bardak su eşliğinde kapsül hasta tarafından yutulur. Kapsül yutulduktan iki saat sonra sıvı tüketimine başlanabilir, dört saat sonra ise hafif gıdalar alınabilir. Yaklaşık altı saat sonra hastanın kliniğe geri dönmesi gerekmektedir. Bağırsak hareketlerini artırarak kapsülün ilerleyişini kolaylaştırmak amacıyla hafif yürüyüşler yapılması önerilir. Ancak koşma, zıplama gibi yoğun fiziksel aktivitelerden ve terlemeye yol açacak egzersizlerden kaçınılmalıdır. Yaklaşık sekiz saatlik pil ömrüne sahip olan kapsülün, bu süre zarfında tüm ince bağırsakları geçerek kalın bağırsağa ulaşması beklenir. İşlem süresince cihaz bağlantılarının yerinden çıkmamasına özen gösterilmeli ve kayıt cihazındaki uyarı lambaları periyodik olarak kontrol edilmelidir. Bu sürenin sonunda kayıt cihazı çıkarılır, bir bilgisayara bağlanır ve kaydedilen tüm görüntüler aktarılır. Özel bir yazılım aracılığıyla çekilen binlerce görüntü incelenebilir hale gelir. Doktor, cihazın kaydettiği fotoğrafları yaklaşık üç saat boyunca detaylı bir şekilde değerlendirerek bulguları rapor eder.