Endoskopik Submukozal Diseksiyon (ESD) prosedürü, yüksek çözünürlüklü video kamera ve çeşitli özel aletlerle donatılmış endoskoplar kullanılarak gerçekleştirilir. İşlem öncesinde hastanın hazırlanması, uygulama yapılacak bölgeye göre değişir. Kalın bağırsak bölgesindeki uygulamalar için, kolonoskopi hazırlığına benzer şekilde, doktor tarafından önerilen ilaçlarla bağırsak temizliği yapılması gerekmektedir. Mide, ince bağırsak veya yemek borusunda yapılacak uygulamalar için ise en az 8 saatlik açlık yeterlidir. ESD, genellikle endoskopi ünitesinde anestezi altında uygulanır. Prosedür sırasında, ucunda yüksek çözünürlüklü bir kamera bulunan endoskop, ilgili bölgeye ilerletilir. Endoskopun çalışma kanalı içerisinden geçirilen özel endoskopik kesici ve kanama kontrolünü sağlayan aletler yardımıyla lezyon, çevresindeki sağlıklı dokudan tek parça halinde dikkatlice çıkarılır.